Napriek tomu, že názov múzea nesie v sebe jasný odkaz na poľnohospodárske zameranie, nachádza sa v múzeu pomerne rozsiahla zbierka fajok v počte niekoľko sto kusov. Múzeum pred niekoľkými rokmi zorganizovalo výstavu, kde boli fajky vystavené, avšak tie následne zostali na dlhší čas uložené v depozitoch. „Znovuobjaviť“ sa ich podarilo v lete minulého roka a vďaka členom Klubu historických fajok si tu môžete pozrieť malý prierez zbierkou. V zbierke sú zastúpené prakticky všetky materiály, používané pri ich výrobe, takže tu nájdeme fajky z morskej peny takzvané meerschanky, dreva, briáru či hliny. Veľkú časť zbierky tvoria hlinené fajky vyrobené na území Slovenska, nazývané „štiavničky“ vyrábané v Banskej Štiavnici a jej okolí. Nechýbajú však ani fajky nitrianskeho výrobcu Maxa Weisza. Fajky nitrianskej výroby pochádzajú z Weiszovej dielne, kedysi situovanej na Farskej ulici, kde v 70. rokoch 20. st. robili zamestnanci múzea prieskum, pričom sa im podarilo zachrániť a uchovať niekoľko desiatok kusov fajok. Okrem fajok sa v zbierkach nachádza aj príslušenstvo používané pri fajčení ako sú napríklad tabatierky, orezávače na cigary, dózy a mešce na tabak. Veľmi zaujímavými a pomerne vzácnymi exponátmi sú formy na výrobu fajok a tlačiarenské štočky slúžiace na tlačenie reklamných materiálov, používané štiavnickým výrobcom fajok Karolom Zacharom.